Llevaba observando hace tiempo un comportamiento anómalo en Digikam pero que hasta el momento no había supuesto más problema que el de mera curiosidad, a saber: las fotografías se descargan de cámara sin respetar el orden en que fueron hechas. O mejor dicho: siguiendo otro orden al que fueron hechas.
Si descargamos una secuencia de fotografías numeradas desde la cámara con Digikam el programa descargaría dicha secuencia produciendo algo como: 2,1,3,5,4,7,6,9,8,11,10,12,14,13,16,15,18,17 (¿eres capaz de ver el patrón que sigue Digikam para desordenar las fotos?)

Hice un experimento para demostrar esto y publicarlo en KDEBugs.
Con imagemagick produje una secuencia de imágenes de números:
for n in $(seq 1 50); do \
convert -size 400x400 -background white -fill black -gravity center label:$n foto_$(printf %02d $n).jpg \
done
Esto produciría una secuencia de archivos foto_01.jpg foto_02.jpg foto_03.jpg … foto_50.jpg. Ahora los proyectamos en pantalla y los fotografiamos en orden.
mplayer -fps 1 mf://foto_*jpg
Ahora conecto la cámara y descargo las imágenes, lo que muestra Digikam para descargar es esto (nota que la secuencia empieza en el 2, no en el 1, estuve corto de reflejos)

Lectura desordenada de imágenes

Esto en condiciones normales apenas supondría un incordio, el problema surge si os ponéis a disparar timelapses, entonces el orden de los fotogramas es crítico y hay que recurrir a métodos de descarga alternativos.
Hay muchas maneras de descargar las imágenes respetando su orden. La más obvia (con ciertos límites*) es respetar el nombre del archivo con que lo generó la cámara. Para renombrar los archivos con la fecha de realización (y no verse limitado con la numeración máxima de 9999 de los cuatro dígitos) prefiero descargar las secuencias de fotografías con gphoto2:
gphoto2 -P --filename "/album/fotos/%Y%m%d/foto_%Y%m%H%M%S_%04n.jpg"