Llevaba bastante tiempo sin abrir Google Earth, casi tanto como sin usar el GPS (que es al fin y cabo para lo que lo quiero). Ayer al ir a importar la ruta desde el GPS como hacía habitualmente GoogleEarth se negaba en importar bien el KML producido por gpsbabel y me representaba una línea recta en medio del mediterraneo.
Pruebas:

• importar ruta desde la web de GoogleMaps. Resultado: correcto.
• crear una ruta en GoogleEarth (GE), guardarla a archivo, abrir archivo en GE. Resultado erroneo.

Problemas:

• GE no lee sus propios archivos.
• GE se hace la picha un lio con la codificación de caracteres y usa como separador decimal una coma (,) en lugar del punto (.) con resultados caóticos

Actualicé a la última versión 5.2, pero el problema se mantiene. Tras dar un par de vueltas dí con la solucion en los foros de GoogleEarth.

Perfil del recorrido, en la nueva versión 5.2

La solución es sencilla. Basta con editar el script de inicio de GoogleEarth (en OpenSuse vi /opt/google-earth/googleearth) y añadir la tercera de estas líneas para forzar al programa a usar puntuación inglesa:
LD_LIBRARY_PATH=.:${GOOGLEEARTH_DATA_PATH}:${LD_LIBRARY_PATH}
export LD_LIBRARY_PATH
export LC_NUMERIC=en_US.UTF-8