Si usáis vuestro teléfono Android para crear y manejar waypoints casi seguro conocéis Oruxmaps, probablemente la mejor app para geolocalización y mapas (por aquí ya ha salido varias veces).
Oruxmaps genera una pequeña base de datos (formato SQLITE) donde archiva todos los registros generados. Normalmente esta base de datos se encuentra en /storage/sdcard/oruxmaps/tracklogs/oruxmaps.db.
Si necesitáis extraer waypoints de la BD para (por ejemplo) consultarlos en GoogleEarth, podéis generar un KML así:
echo "Name,Latitude,Longitude,Description" > actual.csv && sqlite3 oruxmapstracks.db "SELECT poiname || ',' || poilat || ',' || poilon || ',' || '\"' || poidescr || '\"' from pois where poifolder='actual'" >> actual.csv && gpsbabel -i unicsv -f actual.csv -o kml -F actual.kml
Esta línea genera un archivo CSV con los waypoints que tengo en la carpeta «actual» de Oruxmaps y a continuación lo convierte a KML con gpsbabel

En esta imagen podéis ver todas las tablas y campos de la BD de Oruxmaps.